CASP

CASP는 Critical Assessment of Structure Prediction의 약자로, 단백질 구조 예측 기술의 현황을 객관적으로 평가하기 위한 국제 공동 실험이다. 1994년 처음 시작되어 2년마다 개최되며, 전 세계 연구 그룹이 참여한다. 참가자들은 아직 공개되지 않은 실험적 단백질 구조(타깃)에 대한 예측 모델을 제출하고, 독립 평가자가 이를 실제 실험 구조와 비교하여 정확도를 평가한다. CASP는 단백질 구조 예측 분야의 발전을 촉진하는 중요한 역할을 하며, 많은 연구자들이 이 실험을 해당 분야의 '세계 선수권 대회'로 인식한다.

CASP는 1994년 제1회 실험을 시작으로 현재까지 16회(2024년 기준)가 진행되었다. 초기에는 주로 단백질의 3차원 구조 예측에 초점을 맞추었으나, 이후 RNA, 리간드, 거대분자 복합체 등 다양한 예측 범주로 확장되었다. 각 회차마다 참가 그룹 수와 제출 모델 수가 증가하였으며, CASP16(2024년)에는 약 100개 그룹이 8만 개 이상의 모델을 300개 타깃에 대해 제출하였다.

CASP의 평가는 독립 평가자(independent assessor)에 의해 수행된다. 참가자들은 실험 구조가 아직 공개되지 않은 타깃에 대해 예측 모델을 제출하고, 평가자는 실험 구조가 확보된 후 모델의 정확도를 다양한 척도(예: RMSD, GDT-TS, TM-score)로 측정한다. 평가 결과는 학술지(주로 Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics)에 특별호로 발표되며, CASP 회의에서 논의된다.

CASP16은 2024년에 개최된 16번째 실험이다. 약 100개 연구 그룹이 참여하여 8만 개 이상의 모델을 300개 타깃(단백질, RNA, 리간드 등)에 대해 제출하였다. 예측 범주는 5개(템플릿 기반, 자유 모델링, RNA 구조, 리간드 결합, 복합체 등)로 구성되었다. CASP16의 결과는 2025년 학술지 특별호에 게재될 예정이다.

CASP는 단백질 구조 예측 분야의 발전을 가속화하는 데 크게 기여하였다. 특히 2018년 CASP13에서 딥러닝 기반 방법인 알파폴드(AlphaFold)가 뛰어난 성과를 보이면서 주목받았고, 이후 CASP14에서 알파폴드2가 실험적 정확도에 근접한 예측을 달성하여 구조 생물학에 혁신을 가져왔다. CASP는 또한 새로운 방법론의 객관적 비교를 가능하게 하여 연구자들이 자신의 기술을 검증하고 개선할 수 있는 장을 제공한다.